autogrid下载安装教程

.glg

.gpf

.map

.mol2

.pdbqt

11

2

5

AutoDockTools-1.5.6

AutoGrid下载安装教程

AutoGrid作为AutoDock套件的心组件之一，主要用于分子对接前的格栅计算。本文将基于Windows系统，详细讲解AutoGrid的完整安装流程及环境配置要点。

C:\Program Files\TheScrippsResearchInstitute\

C:\Program Files\TheScrippsResearchInstitute\AutoDock\4.2.6\

E:\AutoGrid_Projects

MGLTools-1.5.6

Microsoft Visual C++运行库

Microsoft Visual C++运行库：部分版本需额外安装VC++环境支持。

Python 2.5

Python 2.5：AutoGrid依赖Python 2.5版本，需从官网下载并默认路径安装5。 Microsoft Visual C++运行库：部分版本需额外安装VC++环境支持。

Python 2.5：AutoGrid依赖Python 2.5版本，需从官网下载并默认路径安装5。

autodock4.exe

autodocksuite-4.2.6-i86Windows.exe

autogrid4 -h

autogrid4.exe

nproc=4

一、安装前环境准备

三、工作目录与文件准备

下载安装包 从AutoDock官网获取autodocksuite-4.2.6-i86Windows.exe 安装包，默认安装路径为C:\Program Files\TheScrippsResearchInstitute\AutoDock\4.2.6\，包含autogrid4.exe 和autodock4.exe 主程序2。 安装MGLTools 下载并安装MGLTools-1.5.6，该工具包提供图形界面操作支持。安装完成后，桌面会生成多个图标，其中AutoDockTools-1.5.6为后续主要操作界面2。 环境变量配置 右键“此电脑”→属性→高级系统设置→环境变量→系统变量→Path→编辑，添加AutoGrid安装路径（如C:\Program Files\TheScrippsResearchInstitute\AutoDock\4.2.6\）5。 验证安装：在令行输入autogrid4 -h，若显示版本信息则配置成功。

下载安装包 从AutoDock官网获取autodocksuite-4.2.6-i86Windows.exe 安装包，默认安装路径为C:\Program Files\TheScrippsResearchInstitute\AutoDock\4.2.6\，包含autogrid4.exe 和autodock4.exe 主程序2。

下载安装包

二、AutoGrid安装步骤

五、验证与优化

使用MGLTools打开受体PD文件，依次执行“加氢”（Edit→Hydrogens→Add）→“加电荷”（Edit→Charges→Compute Gasteiger）→保存为.pdbqt格式（Grid→Macromolecule→Se）11。

创建工作目录 新建英文路径文件夹（如E:\AutoGrid_Projects），用于存放受体（Receptor）和配体（Ligand）文件。注意：路径中禁止出现中文或空格2。 受体分子处理 使用MGLTools打开受体PD文件，依次执行“加氢”（Edit→Hydrogens→Add）→“加电荷”（Edit→Charges→Compute Gasteiger）→保存为.pdbqt格式（Grid→Macromolecule→Se）11。 配体分子处理 导入配体文件（如.mol2格式），执行加氢、加电荷操作后，通过“Ligand→Torsion Tree→Detect Root”设置分子旋转根节点，保存为.pdbqt格式11。

创建工作目录 新建英文路径文件夹（如E:\AutoGrid_Projects），用于存放受体（Receptor）和配体（Ligand）文件。注意：路径中禁止出现中文或空格2。

创建工作目录

受体分子处理 使用MGLTools打开受体PD文件，依次执行“加氢”（Edit→Hydrogens→Add）→“加电荷”（Edit→Charges→Compute Gasteiger）→保存为.pdbqt格式（Grid→Macromolecule→Se）11。

受体分子处理

右键“此电脑”→属性→高级系统设置→环境变量→系统变量→Path→编辑，添加AutoGrid安装路径（如C:\Program Files\TheScrippsResearchInstitute\AutoDock\4.2.6\）5。 验证安装：在令行输入autogrid4 -h，若显示版本信息则配置成功。

右键“此电脑”→属性→高级系统设置→环境变量→系统变量→Path→编辑，添加AutoGrid安装路径（如C:\Program Files\TheScrippsResearchInstitute\AutoDock\4.2.6\）5。

四、AutoGrid心操作流程

在MGLTools中打开受体.pdbqt文件，进入“Grid→Grid ox”界面，调整格栅盒子位置和尺寸（默认中心坐标为受体活性位点，格栅尺寸60×60×60，间距0.375Å）11。

安装MGLTools 下载并安装MGLTools-1.5.6，该工具包提供图形界面操作支持。安装完成后，桌面会生成多个图标，其中AutoDockTools-1.5.6为后续主要操作界面2。

安装MGLTools

导入配体文件（如.mol2格式），执行加氢、加电荷操作后，通过“Ligand→Torsion Tree→Detect Root”设置分子旋转根节点，保存为.pdbqt格式11。

常见问题处理 无效文件生成：若输出文件无后缀，需手动重名为.map或.glg2。 权限报错：安装目录权限设置，确保用户组拥有“完全控制”权限5。

常见问题处理

并行计算

并行计算：在.gpf文件中添加nproc=4（根据CPU心数调整）以加速计算。 格栅精度：减小格栅间距（如0.3Å）可提高精度，但会显著增加计算时间11。

并行计算：在.gpf文件中添加nproc=4（根据CPU心数调整）以加速计算。

性能优化 并行计算：在.gpf文件中添加nproc=4（根据CPU心数调整）以加速计算。 格栅精度：减小格栅间距（如0.3Å）可提高精度，但会显著增加计算时间11。

性能优化

无效文件生成

无效文件生成：若输出文件无后缀，需手动重名为.map或.glg2。 权限报错：安装目录权限设置，确保用户组拥有“完全控制”权限5。

无效文件生成：若输出文件无后缀，需手动重名为.map或.glg2。

权限报错

权限报错：安装目录权限设置，确保用户组拥有“完全控制”权限5。

权限设置 安装路径不可包含中文或特殊符号，建议使用默认路径。若需自定义安装，需提前在目标文件夹（如C:\Program Files\TheScrippsResearchInstitute\）右键属性→安全→编辑权限，将用户组权限设置为“完全控制”2。

权限设置

格栅参数设置 在MGLTools中打开受体.pdbqt文件，进入“Grid→Grid ox”界面，调整格栅盒子位置和尺寸（默认中心坐标为受体活性位点，格栅尺寸60×60×60，间距0.375Å）11。 生成格栅文件 点击“Run AutoGrid”，选择受体对应的.gpf配置文件，启动计算。程序会自动生成.glg日志文件及多个.map格栅文件，用于后续分子对接2。 常见问题处理 无效文件生成：若输出文件无后缀，需手动重名为.map或.glg2。 权限报错：安装目录权限设置，确保用户组拥有“完全控制”权限5。

格栅参数设置 在MGLTools中打开受体.pdbqt文件，进入“Grid→Grid ox”界面，调整格栅盒子位置和尺寸（默认中心坐标为受体活性位点，格栅尺寸60×60×60，间距0.375Å）11。

格栅参数设置

格栅精度

格栅精度：减小格栅间距（如0.3Å）可提高精度，但会显著增加计算时间11。

点击“Run AutoGrid”，选择受体对应的.gpf配置文件，启动计算。程序会自动生成.glg日志文件及多个.map格栅文件，用于后续分子对接2。

环境变量配置 右键“此电脑”→属性→高级系统设置→环境变量→系统变量→Path→编辑，添加AutoGrid安装路径（如C:\Program Files\TheScrippsResearchInstitute\AutoDock\4.2.6\）5。 验证安装：在令行输入autogrid4 -h，若显示版本信息则配置成功。

环境变量配置

生成格栅文件 点击“Run AutoGrid”，选择受体对应的.gpf配置文件，启动计算。程序会自动生成.glg日志文件及多个.map格栅文件，用于后续分子对接2。

生成格栅文件

系统要求 AutoGrid需在Windows 7或更高版本（包括Windows 10）运行，建议使用64位系统。安装前需确保系统已安装以下依赖： Python 2.5：AutoGrid依赖Python 2.5版本，需从官网下载并默认路径安装5。 Microsoft Visual C++运行库：部分版本需额外安装VC++环境支持。 权限设置 安装路径不可包含中文或特殊符号，建议使用默认路径。若需自定义安装，需提前在目标文件夹（如C:\Program Files\TheScrippsResearchInstitute\）右键属性→安全→编辑权限，将用户组权限设置为“完全控制”2。

系统要求 AutoGrid需在Windows 7或更高版本（包括Windows 10）运行，建议使用64位系统。安装前需确保系统已安装以下依赖： Python 2.5：AutoGrid依赖Python 2.5版本，需从官网下载并默认路径安装5。 Microsoft Visual C++运行库：部分版本需额外安装VC++环境支持。

系统要求 AutoGrid需在Windows 7或更高版本（包括Windows 10）运行，建议使用64位系统。安装前需确保系统已安装以下依赖：

系统要求

结果验证 生成的.glg文件，若包含“Successful Completion”提示，则格栅计算完成。可通过AutoDockTools可视化格栅分布，确认覆盖关键结合位点。 性能优化 并行计算：在.gpf文件中添加nproc=4（根据CPU心数调整）以加速计算。 格栅精度：减小格栅间距（如0.3Å）可提高精度，但会显著增加计算时间11。

结果验证 生成的.glg文件，若包含“Successful Completion”提示，则格栅计算完成。可通过AutoDockTools可视化格栅分布，确认覆盖关键结合位点。

结果验证

通过上述步骤，用户可完成AutoGrid的完整安装与基础操作。需注意，不同版本的AutoDock套件可能存在细微差异，建议优先参考文档调整参数。对于复杂体系，可结合GPU加速或分布式计算进一步提升效率。

配体分子处理 导入配体文件（如.mol2格式），执行加氢、加电荷操作后，通过“Ligand→Torsion Tree→Detect Root”设置分子旋转根节点，保存为.pdbqt格式11。

配体分子处理

验证安装：在令行输入autogrid4 -h，若显示版本信息则配置成功。

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