blast下载安装教程

PATH=/path/to/blast/bin:

swissprot.fasta -dbtype prot -parse_seqids -hash_index

临时生效

生效需将上述令加入~/.bashrc或/etc/profile文件

$PATH

%identity

%identity：序列一致性百分比。 evalue：比对结果的统计学显著性12。

%identity：序列一致性百分比。

- `-dbtype`：指定数据库类型（`nucl`为酸，`prot`为白）。

- `-evalue`：设置显著性阈值，过滤低质量匹配[5]()[7]()。

- `-outfmt 6`：生成表格化结果，便于后续分析。

- `-parse_seqids`：保留序列ID信息，便于后续检索[1]()[5]()。

1

2

3

5

7

LAST+ 2.11.0

LASTD

LAST下载安装教程

D:\blast

D:\blast\bin

D:\blast\db

Path

``` ```

apt

bash blastp -query input.fasta -db swissprot.fasta -out result.txt -outfmt 6 -evalue 1e-5 ``` ``` - `-outfmt 6`：生成表格化结果，便于后续分析。 - `-evalue`：设置显著性阈值，过滤低质量匹配[5]()[7]()。

bash export PATH=/path/to/blast/bin:$PATH 临时生效 生效需将上述令加入~/.bashrc或/etc/profile文件

bash makeblastdb -in swissprot.fasta -dbtype prot -parse_seqids -hash_index ``` ``` - `-dbtype`：指定数据库类型（`nucl`为酸，`prot`为白）。 - `-parse_seqids`：保留序列ID信息，便于后续检索[1]()[5]()。

bash sudo apt install ncbi-blast+

bash wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.13.0+-x64-linux.tar.gz tar -zxvf ncbi-blast-2.13.0+-x64-linux.tar.gz

bash

bash

bin

blastall

blastn -version

blastn

blastp -h

blastp -query input.fasta -db swissprot.fasta -out result.txt -outfmt 6 -evalue 1e-5 ``` ``` - `-outfmt 6`：生成表格化结果，便于后续分析。 - `-evalue`：设置显著性阈值，过滤低质量匹配[5]()[7]()。

blastp -query input.fasta -db swissprot.fasta -out result.txt -outfmt 6 -evalue 1e-5

blastp

cmd

doc

evalue

evalue：比对结果的统计学显著性12。

export PATH=/path/to/blast/bin:$PATH 临时生效 生效需将上述令加入~/.bashrc或/etc/profile文件

export PATH=/path/to/blast/bin:$PATH 临时生效

export

in

makeblastdb -

makeblastdb -in swissprot.fasta -dbtype prot -parse_seqids -hash_index ``` ``` - `-dbtype`：指定数据库类型（`nucl`为酸，`prot`为白）。 - `-parse_seqids`：保留序列ID信息，便于后续检索[1]()[5]()。

makeblastdb -in swissprot.fasta -dbtype prot -parse_seqids -hash_index

makeblastdb

sudo apt install ncbi-blast+

swissprot.fasta

tar -zxvf ncbi-blast-2.13.0+-x64-linux.tar.gz

wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.13.0+-x64-linux.tar.gz tar -zxvf ncbi-blast-2.13.0+-x64-linux.tar.gz

wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.13.0+-x64-linux.tar.gz

一、Windows系统安装

三、本地数据库构建

二、Linux系统安装

五、常见问题处理

准备序列文件 从数据库（如NCI、Ensembl）下载或自行准备FASTA格式的序列文件（如swissprot.fasta ），建议存储在LASTD指定的路径下3。 格式化数据库 使用makeblastdb令将FASTA文件转换为LAST可识别的二进制格式： bash makeblastdb -in swissprot.fasta -dbtype prot -parse_seqids -hash_index ``` ``` - `-dbtype`：指定数据库类型（`nucl`为酸，`prot`为白）。 - `-parse_seqids`：保留序列ID信息，便于后续检索[1]()[5]()。

准备序列文件 从数据库（如NCI、Ensembl）下载或自行准备FASTA格式的序列文件（如swissprot.fasta ），建议存储在LASTD指定的路径下3。

准备序列文件

四、基本使用示例

快速安装（Ubuntu） 使用apt直接安装预编译版本： bash sudo apt install ncbi-blast+

快速安装（Ubuntu） 使用apt直接安装预编译版本：

快速安装（Ubuntu）

数据库加载失败

数据库加载失败：确认LASTD路径正确，且数据库已通过makeblastdb格式化7。

格式化数据库 使用makeblastdb令将FASTA文件转换为LAST可识别的二进制格式： bash makeblastdb -in swissprot.fasta -dbtype prot -parse_seqids -hash_index ``` ``` - `-dbtype`：指定数据库类型（`nucl`为酸，`prot`为白）。 - `-parse_seqids`：保留序列ID信息，便于后续检索[1]()[5]()。

格式化数据库 使用makeblastdb令将FASTA文件转换为LAST可识别的二进制格式：

格式化数据库

比对操作 以白序列比对为例，执行以下令： bash blastp -query input.fasta -db swissprot.fasta -out result.txt -outfmt 6 -evalue 1e-5 ``` ``` - `-outfmt 6`：生成表格化结果，便于后续分析。 - `-evalue`：设置显著性阈值，过滤低质量匹配[5]()[7]()。 结果解读 输出文件包含比对得分、E值、序列相似度等字段，可通过Excel或脚本进一步处理。关键字段包括： %identity：序列一致性百分比。 evalue：比对结果的统计学显著性12。

比对操作 以白序列比对为例，执行以下令： bash blastp -query input.fasta -db swissprot.fasta -out result.txt -outfmt 6 -evalue 1e-5 ``` ``` - `-outfmt 6`：生成表格化结果，便于后续分析。 - `-evalue`：设置显著性阈值，过滤低质量匹配[5]()[7]()。

比对操作

测试安装 输入blastp -h，若显示帮助文档则安装成功53。

测试安装

添加LAST程序路径

添加LAST程序路径：右键点击“此电脑”选择“属性” → “高级系统设置” → “环境变量”，在“系统变量”中找到Path，点击编辑并添加D:\blast\bin（具体路径需与安装位置一致）。 设置数据库路径：新建用户变量LASTD，变量值为数据库存储路径（如D:\blast\db）1。

添加LAST程序路径：右键点击“此电脑”选择“属性” → “高级系统设置” → “环境变量”，在“系统变量”中找到Path，点击编辑并添加D:\blast\bin（具体路径需与安装位置一致）。

环境变量失效

环境变量失效：路径是否包含空格或特殊字符，重启终端使配置生效。 数据库加载失败：确认LASTD路径正确，且数据库已通过makeblastdb格式化7。 程序兼容性：旧版教程中blastall等令已弃用，需使用blastn、blastp等独立程序7。

环境变量失效：路径是否包含空格或特殊字符，重启终端使配置生效。

环境变量配置 添加LAST程序路径：右键点击“此电脑”选择“属性” → “高级系统设置” → “环境变量”，在“系统变量”中找到Path，点击编辑并添加D:\blast\bin（具体路径需与安装位置一致）。 设置数据库路径：新建用户变量LASTD，变量值为数据库存储路径（如D:\blast\db）1。

环境变量配置

程序兼容性

程序兼容性：旧版教程中blastall等令已弃用，需使用blastn、blastp等独立程序7。

结果解读 输出文件包含比对得分、E值、序列相似度等字段，可通过Excel或脚本进一步处理。关键字段包括： %identity：序列一致性百分比。 evalue：比对结果的统计学显著性12。

结果解读

设置数据库路径

设置数据库路径：新建用户变量LASTD，变量值为数据库存储路径（如D:\blast\db）1。

软件下载 访问NCI的LAST+程序下载页面，根据系统版本选择对应的Windows安装包（通常为64位版本）。下载完成后，双击安装程序进入安装向导，选择非系统盘（如D:\blast）作为安装路径，并按照提示完成安装。安装完成后，软件目录下会自动生成bin（程序文件）和doc（文档）两个子文件夹7。 环境变量配置 添加LAST程序路径：右键点击“此电脑”选择“属性” → “高级系统设置” → “环境变量”，在“系统变量”中找到Path，点击编辑并添加D:\blast\bin（具体路径需与安装位置一致）。 设置数据库路径：新建用户变量LASTD，变量值为数据库存储路径（如D:\blast\db）1。 验证安装 打开令提示符（Win+R输入cmd），输入blastn -version，若显示版本信息（如LAST+ 2.11.0）则说明安装成功7。

软件下载 访问NCI的LAST+程序下载页面，根据系统版本选择对应的Windows安装包（通常为64位版本）。下载完成后，双击安装程序进入安装向导，选择非系统盘（如D:\blast）作为安装路径，并按照提示完成安装。安装完成后，软件目录下会自动生成bin（程序文件）和doc（文档）两个子文件夹7。

软件下载

通过wget下载 在终端中执行以下令下载并解压版LAST+： bash wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.13.0+-x64-linux.tar.gz tar -zxvf ncbi-blast-2.13.0+-x64-linux.tar.gz 配置环境变量 将LAST的bin目录添加到系统路径： bash export PATH=/path/to/blast/bin:$PATH 临时生效 生效需将上述令加入~/.bashrc或/etc/profile文件 快速安装（Ubuntu） 使用apt直接安装预编译版本： bash sudo apt install ncbi-blast+ 测试安装 输入blastp -h，若显示帮助文档则安装成功53。

通过wget下载 在终端中执行以下令下载并解压版LAST+： bash wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.13.0+-x64-linux.tar.gz tar -zxvf ncbi-blast-2.13.0+-x64-linux.tar.gz

通过wget下载 在终端中执行以下令下载并解压版LAST+：

通过wget下载

配置环境变量 将LAST的bin目录添加到系统路径： bash export PATH=/path/to/blast/bin:$PATH 临时生效 生效需将上述令加入~/.bashrc或/etc/profile文件

配置环境变量 将LAST的bin目录添加到系统路径：

配置环境变量

验证安装 打开令提示符（Win+R输入cmd），输入blastn -version，若显示版本信息（如LAST+ 2.11.0）则说明安装成功7。

验证安装

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